Este trabajo realiza un análisis comparativo de cinco métodos de estimación de la productividad total factorial (PTF) de empresas de manufacturas del Perú, periodo 2002-2019. Estos métodos resuelven cuatro limitaciones de los estimados estándar MCO de la PTF: el de sesgo de simultaneidad, el sesgo de ‘attrition’ (o movimiento de firmas), el sesgo debido a la omisión de los precios de los productos de las empresas, y la multicolinealidad entre los factores de producción. La base de datos principal para las estimaciones es la Encuesta Económica Anual de Empresas del INEI (INEI-EEA 2023). Entre los resultados que resaltan de las estimaciones son por un lado, el incremento del índice promedio anual de la PTF de la muestra de empresas a una tasa de variación anual de 5% en el periodo 2003-2019.